智能卡的另一個(gè)缺點(diǎn)是并非所有智能卡讀卡器都兼容所有類(lèi)型的智能卡。有多種類(lèi)型的智能卡，有些使用非標準協(xié)議進(jìn)行數據存儲和卡接口;一些智能卡和讀卡器也使用與其他讀卡器不兼容的專(zhuān)有軟件。

雖然智能卡對于許多應用程序來(lái)說(shuō)可能更安全，但它們仍然容易受到某些類(lèi)型的攻擊?？梢酝ㄟ^(guò)智能卡技術(shù)從芯片恢復信息的攻擊。差分功率分析可用于推斷公鑰算法（如RSA）使用的片上私鑰。對稱(chēng)密碼的一些實(shí)現也易受定時(shí)攻擊或差分功率分析的影響。還可以物理地拆卸智能卡以便訪(fǎng)問(wèn)機載微芯片。